股指期货套期保值是规避股票市场系统性风险的有效工具，但套期保值过程本身也有三类风险值得投资者高度关注，即基差风险、流动性风险和展期风险。
　　要了解基差风险，先来看基差的概念。我们知道，基差是股指期货标的指数价格与股指期货价格之间的差值。比如，在4月6日某时点，沪深 300指数为 3250点，IF1004合约价格为3310点，则此时的基差为 3250-3310=-60点。由于现货价格与期货价格的变化幅度不完全相同，因而两者之间的价格差、即基差的大小可能发生着变化。
　　比如在4月6日的另一时刻，沪深300指数为3260点，IF1004合约的价格为3315点，则此时的基差变为3260-3315=-55点。一般情况下，基差总是处于不断的变化中。
　　从套期保值的过程看，就是同时在现货与期货两个市场进行"数量相当、方向相反"的交易，当两个市场的运行状况一致时，两个市场的盈亏就能基本相抵，从而达到套期保值的目的。在股指期货交易中，由于现货价格与期货价格波动不一致、从而基差波动不确定而导致的风险被称为基差风险。如果基差朝着有利方向变化，则不仅可以取得较好的套期保值效果，而且还可以获得额外的盈利；反之，不仅会影响套保效果，甚至还会蒙受损失。
　　比如在买入套期保值中，由于在套保结束时要买入现货并卖出期货合约，当基差变弱、即现货价格相对更低而期货价格相对更高时，投资者买低卖高就可能获利。相反，如果此时是卖出套期保值，由于在套保结束时要卖出现货并买入期货合约，因此当基差变弱时，投资者卖低买高则可能亏损。
　　从上面的分析不难看出，基差风险在股指期货交易中是无法回避的。为尽可能减小套期保值中的基差风险，一是尽量选择期货合约到期日在现货交易日之后、且离现货交易日最近的合约作为套保合约，二是通过观察基差的变化来动态调整套期保值比率。目前某些境外交易所推出了基于基差的期货进行单纯的基差交易，这就为市场提供了回避基差风险的新工具。