挑战之一。运力和时效受到制约，问题主要出现在快递的运输环节上。例如，在航空方面，快递没有优先放行的绿色通道和航空仓位配载通道；在铁路方面，民营快递企业没有专用快件车厢发送快件；在公路方面，还存在快递车辆进城难、停车难、进门难。
　　挑战之二。快递企业融资难和人才匮乏的问题也比较突出。目前，民营快递企业缺乏资金支持，企业在投资过程中遇到资金瓶颈，特别在融资方面更是制约企业发展。不少快递企业负责人在接受采访时表示，伴随融资难、招工难，现有的专业管理人才和IT开发人才已经无法满足快递企业的发展，产业人才匮乏的现状阻碍了企业的跨越式发展。
　　挑战之三。电子商务与快递业两个交集的法规政策还不够完善，导致了快递企业在为电子商务客户提供服务的过程中，出现了服务上的错位。主要表现为，快递企业在不断提升服务能力的同时，却得不到应有的回报，而让一部分网购卖家把本属于快递企业的利润截留，制约了快递企业的发展。
　　同时，企业在自身发展中也遇到了困难。主要包括快件处理能力跟不上快递业务的迅猛发展，快递服务能力仍然不能满足市场及客户的需求，企业的管理能力跟不上企业的发展速度，针对企业的发展和行业的要求，急需建立一支高效的快递服务团队，企业需进一步提高科技含量，实现快件的周期可控、可视化管理。